جنبش و هجرت
افشاگري امام عليه تصويب لايحه كاپيتولاسيون، ايران را در آبان سال 43 در آستانه قيامي دوباره قرار داد . سحرگاه 13 آبان دوباره كماندوهاي مسلح اعزامي از تهران، منزل امام خميني (رحمت الله علیه) در قم را محاصره كردند و ايشان را با يك فروند هواپيماي نظامي كه از قبل آماده شده بود، به آنكارا تبعيد كردند. عصر آن روز ساواك خبر تبعيد امام را به اتهام اقدام عليه امنيت كشور در روزنامه ها منتشر ساخت. باوجود فضاي خفقان، موجي از اعتراضها به صورت تظاهرات در بازار تهران، تعطيلي طولاني مدت دروس حوزه ها و ارسال طومارها و نامه ها به سازمانهاي بين المللي و مراجع تقليد جلوه گر شد.اقامت امام در تركيه يازده ماه به درازا كشيد. در اين مدت، رژيم شاه در غياب امام خميني به سرعت دست به اصلاحات آمريكايي پسند زد. در عين حال، اقامت اجباري در تركيه فرصتي مغتنم براي امام بود تا تدوين كتاب بزرگ تحرير الوسيله را آغاز كند.
روز 13 مهرماه 44 حضرت امام به همراه فرزندشان آية الله حاج آقا مصطفي از تركيه به كشور عراق منتقل شدند . دوران اقامت طولاني و 13 ساله امام در نجف در شرايطي آغاز شد مخالفتها، كارشكني ها و زخم زبان ها نه از جبهه دشمن رويارو بلكه از ناحيه روحاني نماها و دنيا خواهان مخفي شده در لباس دين آنچنان گسترده و آزاردهنده شود كه امام با همه صبر و بردباري معروفش بارها از سختي شرايط مبارزه در اين سالها به تلخي تمام ياد كند.
اوايل سال 1348 تا نيمه دوم سال 1350اختلافات بين رژيم شاه و حزب بعث عراق بر سر مرز آبي دو كشورچنان شدت گرفت. كه رژيم عراق جمع زيادي از ايرانيان مقيم اين كشور را در بدترين شرايط اخراج كرد. حضرت امام در اعتراض به شرايط پيش آمده تصميم به خروج از عراق گرفت اما حكام بغداد با آگاهي از پيامدهاي هجرت امام در آن شرايط اجازه خروج ندادند . سال 1354 در سالگرد قيام 15 خرداد، مدرسه فيضيه قم بار ديگر شاهد قيام طلاب انقلابي بود. فريادهاي درود بر خميني و مرگ بر سلسله پهلوي به مدت دو روز ادامه داشت .
شاه در ادامه سياستهاي مذهب ستيز خود در اسفند 1354 وقيحانه تاريخ رسمي كشور را به شاهنشاهي تغيير داد. درپي اين اقدام، امام در واكنشي سخت، فتوا به تحريم استفاده از تاريخ بي پايه شاهنشاهي داد. تحريم استفاده از اين مبدا موهوم تاريخي همانند تحريم حزب رستاخيز از سوي مردم ايران استقبال شد و هر دو مورد افتضاحي براي رژيم شاه شد تا در سال 1357 ناگزير از عقب نشيني و لغو تاريخ شاهنشاهي باشد .
امام در مرداد 1356 طي پيامي اعلام كرد: اكنون به واسطه اوضاع داخلي و خارجي و انعكاس جنايات رژيم در مجامع و مطبوعات خارجي فرصتي است كه بايد مجامع علمي و فرهنگي و رجال وطنخواه و دانشجويان خارج و داخل و انجمنهاي اسلامي در هر جايي بي درنگ از آن استفاده كنند و بي پرده بپا خيزند .
شهادت آية الله حاج آقا مصطفي خميني در اول آبان 1356 نقطه آغازي بر خيزش دوباره حوزه هاي علميه و قيام جامعه مذهبي ايران بود. امام خميني(رحمت الله علیه) در همان زمان به گونه اي شگفت اين واقعه را از الطاف خفيه الهي ناميده بود. رژيم شاه با درج مقاله اي توهين آميز عليه امام در روزنامه اطلاعات انتقام گرفت. اعتراض به اين مقاله، به قيام 19 دي ماه قم در سال 56 منجر شد كه طي آن جمعي از طلاب انقلابي به خاك و خون كشيده شدند .
در ديدار وزراي خارجه ايران و عراق در نيويورك تصميم به اخراج امام از عراق گرفته شد. روز دوم مهر 1357 منزل امام در نجف بوسيله قواي بعثي محاصره گرديد، انعكاس اين خبر با خشم گسترده مسلمانان در ايران، عراق و ديگر كشورها مواجه شد .روز 12 مهر، امام خميني (رحمت الله علیه) نجف را به قصد مرز كويت ترك گفت. دولت كويت با اشاره رژيم ايران از ورود امام به اين كشور جلوگيري كرد. قبلا صحبت از هجرت امام به لبنان و يا سوريه بود اما ايشان پس از مشورت با فرزندشان (حجه الاسلام حاج سيد احمد خميني) در روز 14 مهر تصميم به هجرت به پاريس گرفت و دو روز بعد در منزل يكي از ايرانيان در نوفل لوشاتو مستقر شد. مامورين كاخ اليزه نظر رئيس جمهور فرانسه را مبني بر اجتناب از هرگونه فعاليت سياسي به امام ابلاغ كردند. ايشان نيز در واكنشي تند تصريح كرده بود كه اينگونه محدوديتها خلاف ادعاي دمكراسي است و اگر او ناگزير شود تا از اين فرودگاه به آن فرودگاه و از اين كشور به آن كشور برود باز دست از هدفهايش نخواهد كشيد .