امام موسي کاظم(ع) در علم و دانش نيز سرآمد بود؛ هنوز کودکي بيشتر نبود که فقهاي مشهوري چون ابوحنيفه از او مسأله مي پرسيدند و کسب علم مي کردند. ايشان از همان کودکي در مجلس درس پدر، که مؤسس و رئيس دانشگاه جعفري است، شرکت مي جست و روح و جانش را از سرچشمه علوم و معارف اصيل اسلامي سيراب مي کرد. در بحثهاي علمي حضور مي يافت و در ميان بهت اطرافيان، فردي کهنه کار و قوي، اهل بحث و منطق و قادر به اثبات مباحث دشوار و معضل علمي بود و اين موجب محبوبيت آن حضرت نزد امام جعفر صادق(ع) و اصحاب گرديده بود.
ايشان پس از پدر نهضت علمي او را دنبال کرد و پيروانش را که پراکنده شده بودند، از نو گرد هم آورد و به مجلس درس آنها سر و سامان داد. البته وضعيت براي اين اقدام امام مساعد نبود، اما او از هر فرصتي براي تحقق اين هدف سود مي جست و لحظه اي از تلاش و کوشش باز نايستاد و در راه تکامل جنبش علمي و نهضت فرهنگي اسلام تلاش کرد و صدها محدث، مفسر و مبلغ تربيت نمود و به کمک آنها توانست از مکتب تشيع پاسداري کند و حرکت آن را تداوم بخشد.
امام کاظم(ع) مردم را به تفکر و تعقل دعوت مي کرد و متذکر مي شد هر چيزي راهنمايي دارد و راهنماي عقل، تفکر است و از نشانه هاي تفکر، سکوت و خاموشي است. اين خود سبب مي شود افراد کمتر سخن بگويند و بيشتر بينديشند تا حقايق را به دست آورند. ايشان در اين خصوص مي فرمايد: «آدمي از سوي خدا دو حجت دارد: حجت ظاهر و حجت باطن. حجت ظاهر، خدا و انبيا و ائمه اند و حجت باطن، عقل است».
يادگارهاي علمي و فکري امام موسي بن جعفر(ع) که در کتابهاي حديث و فقه و کلام و تفسير ثبت گرديده است يکي از بهترين و غني ترين ميراثهاي علمي است که اصول زندگي و روشهاي تربيتي و معارف ماوراءالطبيعه را با محکم ترين و استوارترين بيانها در اختيار پويندگان آن معارف قرار مي دهد و اسرار آفرينش را با عالي ترين بيانات توضيح مي دهد که امروز علم با آن همه پيشرفت و ترقي فراتر از آن گام ننهاده است.
يکي از يادگارهاي علمي و کلامي امام کاظم(ع) ، حديث شريف «عقل» است که مباني کلامي و فلسفي مستحکمي دارد.
صدر المتألهين- در شرح و تقريط حديث شريف عقل که امام(ع) به يکي از ياران خود بنام «هشام بن حکم» القاء فرموده است، چنين مي نويسد: «اين حديث عقل در برگيرنده بزرگترين مشخصات و ويژگيهاي عقل است که در محتويات خود معارف عاليه اي از قرآن مجيد را دارد اين حديث شريف محتوي معارف پر ارج الهي است که همانند آن را در چندين مجلد از کتابهاي عرفا و دانشمندان صاحب نظر نمي توان پيدا نمود. جامعيت حديث از آن نظر است که اشاراتي به علم ماوراءالطبيعت فلکيات، روان شناسي، اخلاق، سياست مدني، تربيتي و… دارد و از نظر مواعظ و پند و اندرز سرشار و غني است».
امام موسي بن جعفر(ع) بعد از رحلت پدر عاليقدرش مدير دانشگاه وسيع و بزرگي بود که از پدر به ميراث مانده بود. دانشگاهي که مديريت علمي آن به امام واگذار گرديد، در حال توسعه و گسترش و در برگيرنده هزاران دانشجو و استاد بود که در کلاسهاي مختلف آن از مکتب پر فيض امام صادق(ع) دانش آموخته و اکنون مشغول گذراندن مدارج عالي تري از دانش و فضيلت بودند.
گروههاي متعددي از متکلمان و فقيهان، فيلسوفان و محدثان، مفسران و مورخان، اديبان و شاعران و ديگر طبقات مختلف علمي اکنون متوجه مقام علمي الهي امام موسي بن جعفر(ع) گرديده اند و از کمالات و فضايل و دانش بي پايان او بهره مند مي شدند و گرد شمع وجود او را فرا مي گرفتند تا مباني مکتب فکري و علمي اسلامي را غني تر و پربارتر سازند و نور درخشان اسلامي را روشن تر و تابان تر نمايند.
امام موسي بن جعفر(ع) دانشمندترين و با فضيلت ترين مردم عصر خود بود و علم و دانش او همانند انبيا از منبع پر فيض الهام و کرامت الهي سرچشمه گرفته بود و در مکتب تربيتي خاندان رسالت و طهارت(ع) تکميل و سرشار گرديده بود.
علي بن ابي حمزه يکي از سران و ارکان گروه واقفيه مي گويد: در سال آخر عمر امام صادق(ع) نزد فرزندش، موسي بن جعفر(ع) رفتم و پرسيدم: «سن شما چقدر است؟»
فرمود: «19 سال»
گفتم: «پدرتان رازي را با من در ميان گذاشته است. آيا مي توانيد بگوييد آن راز چيست؟»
فرمود: «آري» و سپس تمام مطلب را بي کم و کاست بيان فرمود. علي بن ابي حمزه در جايي ديگر مي گويد: نزد حضرت موسي بن جعفر(ع) بودم که 30 غلام را که از حبشه براي او خريده بودند، به محضرش آوردند. يکي از آنها که نيکو سخن مي گفت با امام سخن گفت.
امام(ع) نيز با همان زبان جواب وي را گفت. آن غلام و نيز تمام جمع از اين مسأله شگفت زده شدند. آنان گمان کردند امام زبانشان را نمي فهمد. ايشان به آن غلام گفت: من به تو پولي مي دهم و تو به هر يک از اين غلامان 30 درهم بپرداز. غلامان از محضر امام خارج شده به هم مي گفتند: او - امام موسي کاظم(ع) - بليغ تر از ما به زبان خود ما سخن مي گويد و اين نعمتي است که خداوند به ما ارزاني داشته است.
علي بن ابي حمزه گويد: به آن حضرت عرض کردم: اي فرزند رسول خدا! چنين ديدم که شما با اين حبشي ها با زبان خودشان سخن گفتيد؟! آن حضرت فرمود: آري. گفتم: در ميان آنها تنها به آن غلام امر کرديد؟! فرمود: بلي به او گفتم که در حق ساير بردگان نيکي کند و به هر يک از آنها ماهيانه 30 درهم بپردازد، چون او وقتي به سخن آمد از ديگران داناتر مي نمود، او از تبار پادشاهان آنها بود. پس او را بر ديگران گماردم تا به نيازهاي آنها رسيدگي کند. افزون بر اين او غلامي راستگوست. سپس فرمود: شايد تو از اينکه من با آنان به زبان حبشي سخن گفتم در شگفت شدي؟ گفتم: به خدا سوگند آري. فرمود: تعجب نکن! امام به منزله درياست که آنچه نزد اوست هيچ گاه تمام نمي شود و شگفتيهاي او بيش از شگفتيهاي درياست.