به مناسبت ایام سوگواری آقا ابا عبدالله الحسین(ع) ، مدرسه علمیه فاطمیه (س) شهرکرد اقدام به برگزاری جلسات تفسیر زیارت عاشورا در دهه ی اول و دوم محرم توسط حضرت حجت الاسلام و المسلمین رئیسی استاد حوزه و دانشگاه  نمود. همچنين دعوت از يكي مبلغين برتر كشور به نام حاج آقا حق شناس جهت استفاده مبلغين از تجارب ايشان از ديگر برنامه هاي انجام شده در اين ايام بوده است. که با استقبال خاص طلاب و مبلغين مدرسه همراه بود. همچنین برگزاری مراسم سوگواری توسط مدرسه و پایه های تحصیلی مدرسه در هر روز صبح به همراه جلسات سخنرانی و پخش نذورات، فضا سازی، تشكيل هيئت عزاداري،اعزام بیش از 30 نفر از مبلغین جهت تبلیغ، تبیین شخصیّت های خاص واقعه ی کربلا، و اجرای برنامه های ویژه ایّام سوگواری آقا اباعبدالله الحسین (ع) از دیگر اقدامات این مدرسه بوده است.